Project

General

Profile

Actions
Copy link

Feature #59

closed

Python-moduulien lisääminen

Added by Hanna Myllynen almost 8 years ago. Updated over 7 years ago.

Status:
Closed
Priority:
Normal
Assignee:
Cluster Admin
Start date:
2016-11-14
Due date:
% Done:

100%

Estimated time:

Description

Olisiko mahdollista lisätä muutama Python-moduuli Titan- ja Pleione-koneille? Toivottavat moduulit ovat
- scipy (erityisesti scipy.cluster.hierarchy),
- networkx ( https://networkx.github.io/ ),
- pygraphviz ( https://pygraphviz.github.io/ )

Actions
Copy link
 #1

Updated by Timo Eronen almost 8 years ago

  • Status changed from New to In Progress
  • Assignee set to Timo Eronen
Actions
Copy link
 #2

Updated by Timo Eronen almost 8 years ago

  • Status changed from In Progress to Resolved

Asensin nuo molempiin klustereihin. Laita tänne kuitti jos ne toimii.

Actions
Copy link
 #3

Updated by Henrik Levämäki almost 8 years ago

Toinen vaihtoehto on asentaa klusterissa omaan hakemistoonsa Anaconda python jakelu, missä on seuraavat edut:

- Virtuaaliympäristöt: helppo vaihtaa python2 ja python3 versioiden välillä, helppo luoda ympäristöjä, jotka sisältävät tiettyjä versioita python-moduuleista.
- Uusia paketteja helppo asentaa itse (conda install "paketti" | pip install "paketti").

Actions
Copy link
 #4

Updated by Timo Eronen almost 8 years ago

Tuo klusterin asennus ja ylläpito on periaatteessa tarkoitus tehdä ansible:lla. Joten en lähtisi tekemään mitään spesiaali asennuksia ellei ole aivan pakko.

Nuo python modulit on nyt asennettu ansiblella laittamalla ne utu määrittelyihin pleionessa ja titanissa:

group_vars/all/utu-default-packages:

unconfigured_packages_global:
  - scipy
  - graphviz
  - graphviz-python
  - python-networkx
  - python-networkx-core
  - python-networkx-doc

Tosin ne ovat nykyisin myös FGCI metapackage:ssa (mikä lieneekään) mutta se ei haitanne.

Actions
Copy link
 #5

Updated by Henrik Levämäki almost 8 years ago

Tuo minun kommenttini tarkoitti sitä, että klusterin käyttäjä voi itse asentaa Anacondan omaan kotihakemistoonsa, jossa on yllämainitut edut.

Actions
Copy link
 #6

Updated by Timo Eronen almost 8 years ago

Jos (kun?) käyttäjät asentavat omia "virityksiään" niin seurauksena on hetken kuluttua se, että ne samat "viritykset" ovat siellä moneen kertaan. Ja osa käyttäjistä jää ilman jos joku on keksinyt hienon lisäyksen.

Actions
Copy link
 #7

Updated by Timo Eronen over 7 years ago

  • Status changed from Resolved to Closed
  • Assignee changed from Timo Eronen to Cluster Admin
  • % Done changed from 0 to 100
Actions
Copy link

Also available in: Atom PDF